通常、顕微鏡の焦点調整は裸眼観察時に行います。
カメラの個々のばらつきにより、裸眼観察時の焦点とカメラの焦点が合わない場合があります。
JIS鏡筒(「顕微鏡用カメラの接続について」ご参照)の場合は鏡筒部にバックフォーカスがついています。
これで微調整ができます。
Cマウントの場合、顕微鏡側のCマウント部にバックフォーカスのついているものもありますが、ごく僅かです。
また、カメラ側にバックフランジ(この場合のバックフォーカス)を調整する機構がついているものがありますがこれも数的には少ないと思います。